Vesiensuojelulla voidaan vähentää metsänkäsittelystä aiheutuvia haittoja vesistöille, eli minimoidaan ravinteiden ja kiintoaineiden huuhtoutuminen. Tämä on tärkeää varsinkin turvemaille. Vesiensuojelun toimenpiteitä ovat esimerkiksi suojavyöhykkeet, ojituksessa käytettävät padot ja kaivuukatkot sekä metsätaloudessa käytettävien kemikaalien käyttö niin, etteivät ne joudu vesistöön.